Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования Нижегородский государственный университет им. Н. И. Лобачевского Биологический факультет
Будет не очень большим преувеличением сказать, что рибосома есть прежде всего ее РНК. Примитивный предшественник рибосомы мог бы состоять только из РНК и лишь в ходе эволюции постепенно модифицироваться белками. Прокариотическая рибосома по массе на 2/3 состоит из РНК, и лишь на 1/3 из белков. Эволюционно более поздняя эукариотическая рибосома уже наполовину состоит из белков. Тем не менее, именно рибосомная РНК, по-видимому, определяет основные структурные и функциональные свойства рибосомы. Ковалентно-непрерывные цепи рибосомных РНК обеспечивают целостность рибосомных субчастиц. Специфическая пространственная структура рибосомных РНК обусловливает форму и ряд морфологических особенностей субчастиц. Ассоциация субчастиц в полную рибосому является, вероятно, в той или иной степени функцией специфического сродства двух высокополимерных рибосомных РНК друг к другу. Размещение всех рибосомных белков детерминировано рибосомными РНК. Наконец, рибосомные РНК вносят решающий вклад в организацию ряда функциональных центров рибосомы.
Как прокариотическая, так и эукариотическая рибосомы содержат две различные высокополимерные РНК, по одной на каждую субчастицу, и одну относительно низкомолекулярную РНК, так называемую 5S РНК. Кроме того, эукариотические рибосомы содержат и другую относительно низкомолекулярную РНК, так называемую 5,8S РНК, которая является гомологом 5'-концевой части (около 160 нуклеотидных остатков) высокополимерной РНК большой субчастицы прокариот. В рибосомах хлоропластов высших растений имеется также так называемая 4,5S РНК, которая является гомологом 3'-концевой части (около 100 нуклеотидных остатков) высокополимерной РНК большой субчастицы бактерий. Таким образом, 5,8S РНК эукариотических рибосом и 4,5S РНК хлоропластных рибосом являются результатом расщепления («процессинга») предшественника высокополимерной РНК большой субчастицы в процессе биогенеза или созревания рибосом; они непосредственно участвуют в формировании структуры высокополимерной РНК большой субчастицы, как и их гомологичные последовательности у бактерий (см. ниже), и поэтому могут не рассматриваться как самостоятельные виды рибосомной РНК. Не исключено, что у некоторых видов организмов могут существовать и другие разрывы ковалентной цепи высокополимерной РНК в зрелой рибосоме.
Малая (30S) субчастица бактериальной рибосомы содержит РНК длиной около 1500—1600 нуклеотидных остатков (1542 в Е. coli), обозначаемую как 16S РНК. Соответственно, молекулярная масса этой РНК составляет около 0,5•106 дальтон. 16S есть коэффициент седиментации (s?20,w) этой РНК в изолированном состоянии при концентрациях одновалентных солей около 0,1 М без Mg2+. В этих условиях, однако, она довольно разрыхлена по сравнению с ее состоянием в рибосоме. Присутствие Mg2+ делает РНК существенно более компактной и приближающейся к состоянию (но все же не достигающей его полностью) in situ; коэффициент седиментации (s?20,w) становится равным около 22S при 20 мМ MgCl2. Наоборот, при понижении ионной силы и при нагревании компактность 16S РНК понижается и коэффициент седиментации, соответственно, падает, вплоть до значений около 2—5S в отсутствие солей или при температурах выше 60°C (разворачивание).
30S субчастица рибосомы хлоропластов высших растений имеет 16S РНК приблизительно такого же размера (1490 нуклеотидных остатков у Zea mays). РНК малой рибосомной субчастицы митохондрий грибов и высших растений несколько крупнее (1661 нуклеотидный остаток у дрожжей). Наоборот, «минирибосомы» митохондрий млекопитающих содержат в малой субчастице относительно короткую РНК, обозначаемую как 12S РНК (954—956 нуклеотидных остатков у человека и мыши, соответственно).
У архебактерий, таких как Halobacterium и Halococcus, 16S рибосомная РНК из 30S субчастиц оказалась очень похожей по размеру на эубактериальную 16S РНК; ее длина оказалась равной 1472—1475 нуклеотидных остатков.
Эукариотические 40S субчастицы содержат существенно более крупную рибосомную РНК, обозначаемую как 18S РНК (иногда 17S РНК). Ее длина около 1800 нуклеотидных остатков (1789 в дрожжах, 1825 в Xenopus laevis и 1874 у млекопитающих); соответственно, молекулярная масса — около 0,6•106 дальтон. Поведение эукариотической 18S РНК в зависимости от ионной силы и присутствия Mg2+ во всем сходно с поведением прокариотической 16S РНК.
Большая (50S) субчастица бактериальной 70S рибосомы имеет РНК длиной около 3000 нуклеотидных остатков (2904 в Е. coli), т. е. приблизительно в два раза крупнее 16S РНК; она обозначается как 23S РНК. Молекулярная масса ее около 106 дальтон. В отношении ее коэффициентов седиментации и компактности в изолированном состоянии можно сказать то же, что говорилось при рассмотрении 16S РНК: при ионных силах около 0,1 в отсутствие Mg2+ она имеет коэффициент седиментации около 23S и промежуточную компактность; присутствие Mg2+, а также полиаминов, делает ее существенно более компактной, увеличивая коэффициент седиментации до 31 — 34S; понижение ионной силы и повышение температуры действуют в противоположном направлении.
Принципиально похожая 23S РНК содержится в большой субчастице 70S рибосом хлоропластов высших растений; однако ее 100-нуклеотидный 3'-концевой фрагмент отщеплен, существуя в виде естественного ковалентно несвязанного 4,5S фрагмента.
В митохондриях грибов и высших растений большая рибосомная субчастица содержит РНК, более крупную, чем бактериальная 23S РНК. В митохондриях млекопитающих ситуация обратная: РНК их большой рибосомной субчастицы существенно меньше, чем бактериальная 23S РНК.
Большая (60S) субчастица эукариотической 80S рибосомы содержит существенно более крупную РНК, чем бактериальная 23S РНК. Эта эукариотическая РНК обозначается как 26S или 28S РНК и имеет молекулярную массу от (1,2—1,3) • 106 дальтон у грибов и высших растений до (1,6—1,7) • 106 дальтон у птиц и млекопитающих. Соответственно, цепь 26S РНК Saccharomyces состоит из 3392—3393 нуклеотидных остатков, а цепь 28S РНК крысы — из 4700—4800 нуклеотидных остатков. С 26S — 28S РНК тесно ассоциирована низкомолекулярная 5,8S РНК, состоящая из 160 нуклеотидных остатков и, как уже указывалось, представляющая собой гомолог 5'-концевой последовательности бактериальной 23S РНК; диссоциация 5,8S РНК от 28S РНК достигается лишь в результате разворачивания под действием температуры или денатурирующих агентов.
Большая субчастица как прокариотических, так и эукариотических рибосом содержит относительно низкомолекулярную РНК, длиной около 120 нуклеотидных остатков, обозначаемую как 5S РНК. Грамотрицательные бактерии, включая Е. coli, имеют 5S РНК длиной ровно 120 нуклеотидных остатков, в то время как в большинстве грамположительных бактерий длина 5S РНК составляет 115—116 остатков. Эукариотические 5S РНК тоже, как правило, состоят из 120—121 нуклеотидных остатков, за исключением 5S РНК высших растений, которые на 2—4 остатка короче.
В митохондриальных рибосомах, за исключением рибосом митохондрий высших растений, 5S РНК не найдена.
16S РНК Е. coli была первой высокополимерной рибосомной РНК, полная первичная структура которой была установлена. Это было сделано как прямым химико-энзиматическим анализом нуклеотидной последовательности РНК в группе Ж.-П. Эбеля, так и путем секвенирования ДНК соответствующего клонированного гена в группе Г. Ф. Ноллера. Полная нуклеотидная последовательность 16S РНК Е. coli дана на рис. 41.
Естественно, что встал главный вопрос — как уложена эта длинная (1542 остатка) полинуклеотидная цепь в трехмерную структуру? До сих пор этот вопрос, к сожалению, далек от своего полного решения. Тем не менее, попытки выявить элементы пространственной структуры и, в частности, районы двуспиральных участков с комплементарными антипараллельными тяжами (спирали Уотсон — Криковского типа), были немедленно предприняты и дали свои положительные результаты.
Прежде всего, можно более или менее определенно локализовать на первичной структуре РНК те нуклеотидные остатки или олигонуклеотидные районы, которые не участвуют в комплементарном спаривании и вероятнее всего представляют собой однотяжевые секции цепи. Эти районы особенно чувствительны к таким рибонуклеазам, как панкреатическая пиримидил-РНКаза А, грибная гуанил-РНКаза T1, бактериальная РНКаза S1, и к модификации их оснований такими химическими реагентами, как глиоксаль и кетоксаль (модификация неспаренного G), бисульфит (модификация неспаренного С), метахлор-пербензойная кислота (модификация неспаренного А). Такая локализация уже позволяет искать смежные взаимно комплементарные участки вдоль первичной структуры РНК, между ее чувствительными точками.
Далее, возможна прямая локализация спаренных участков цепи. Один из наиболее результативных подходов состоит в том, что после переваривания РНКазой, гидролизующей однотяжевые участки РНК, получающиеся двуспиральные фрагменты разделяются в электрофорезе сначала в неденатурирующих условиях (первое направление), а затем в условиях диссоциации двуспиральных комплексов (второе направление); таким образом, каждая полоса первого направления, представляющая собой двойную спираль, разделяется во втором направлении на два пятна, представляющих собой комплементарные тяжи, которые идентифицируются и локализуются на первичной структуре РНК. Таким путем удается выявить не только смежные (вдоль цепи) комплементарные участки, но и комплементарные взаимодействия между удаленными участками цепи РНК. Другой подход, особенно эффективный в выявлении дальних взаимодействий, состоит в фотоактивируемых сшивках оснований спаренных тяжей в составе структуры РНК с последующей идентификацией сшитых олигонуклеотидов.
Наконец, двуспиральные участки, предсказанные на основании комплементарности смежных или удаленных секций цепи, могут быть подтверждены или отвергнуты путем сравнительного анализа гомологичных РНК. Дело в том, что структуры РНК оказались эволюционно сильно консервативны. Изучение 16S РНК других бактерий и хлоропластов показало большую степень гомологии их первичных структур, наряду, конечно, с многочисленными нуклеотидными заменами. Если, несмотря на эти замены, в другой 16S РНК сохраняется комплементарность между теми же секциями и, соответственно, предсказанные спиральные участки занимают те же положения, то это сильно подтверждает реальность локализации данных спиралей. Совпадение в нескольких различных 16S РНК делает локализацию совсем убедительной.
Итак, совокупность вышеперечисленных экспериментальных и теоретических подходов дала возможность построить модель вторичной структуры 16S РНК Е. coli, представленную. Почти идентичные модели получены для 16S РНК других бактерий, хлоропластов высших растений и архебактерий. Несмотря на больший размер и гораздо меньшую гомологию последовательности, цепи 18S РНК цитоплазматических 80S рибосом эукариотических организмов могут быть уложены в виде схемы вторичной структуры, очень сходной с таковой 16S РНК бактерий, но 18S содержит добавочные спирали и их группы. Рибосомные РНК уменьшенного размера, а именно 12S РНК митохондрий млекопитающих, также оказались гомологичны бактериальной 16S РНК; основная схема их укладки во вторичную структуру совпадает с таковой 16S РНК бактерий и 18S РНК эукариот, но имеются делеции спиралей и более обширных участков. На пунктиром обведена консервативная часть вторичной структуры высокополимерной РНК малой рибосом-субчастицы, более или менее общая для эукариот, бактерий и митохондрий млекопитающих.
Следует указать на следующие главные черты вторичной структуры высокополимерной рибосомной РНК, выявляемые на модели для 16S РНК Е. coli и, по-видимому, являющиеся общими для других случаев.
1. В комплементарном взаимодействии с образованием двуспиральных структур Уотсон — Криковского типа участвует не менее половины всех нуклеотидных остатков цепи.
2. Внутрицепочечные двуспиральные участки являются относительно короткими. Длина непрерывных спиралей редко превышает размер одного полного витка, т. е. 10—12 пар нуклеотидов, а средняя длина составляет около 7—8 нуклеотидных пар. Всего в 16S РНК Е. coli, согласно приведенной схеме вторичной структуры, можно насчитать около 60 спиралей (обозначены номерами в квадратиках), т. е. в среднем одна спираль на 25—30 нуклеотидных остатков.
3. Кроме стандартных Уотсон — Криковских пар оснований, а именно G • С и А • U, для спиралей рибосомной РНК оказались характерными пары G • U. В составе спиралей рибосомной РНК, как и в тРНК, изредка могут встречаться пары G • А, а также «противостояния» А С и U U. Неканонические пары чаще встречаются в длинных спиралях РНК (в самой длинной спирали 3'-концевого района 16S РНК Е. coli, состоящей из 22 пар оснований, имеется 7 пар G • U и 3 пары G • А!).
4. В спиралях рибосомной РНК встречаются одно- и двунуклеотидные боковые петли (с одного бока); это почти всегда пуриновые нуклеотиды (например, G31, А746, А1441, АА958-959). Плоскости оснований таких петель могут ориентироваться перпендикулярно плоскостям оснований спирали (т. е. параллельно оси спирали) и, таким образом, служить гидрофобными площадками для стэкинг-взаимодействия бока спирали с другими участками РНК при формировании третичной структуры. (Встречаются также и более длинные боковые петли — от 3 до 10—14 нуклеотидных остатков; они, однако, будут, скорее всего, формировать собственную структуру, так что такие места, по-видимому, лучше рассматривать как перерывы в спиралях.)
5. Преобладающим типом спиралей являются «шпильки», т. е. спирали, образованные комплементарным взаимодействием смежных участков цепи. Согласно модели, в 16S РНК Е. coli их насчитывается 27 (обозначены номерами в кружках). К «шпилькам» часто примыкают спиральные участки, отделенные от шпильки лишь коротким некомплементарным участком (последний может представлять собой структуру какого-то иного типа); в целом «шпилька» и примыкающая к ней спираль могут образовывать единую «составную спираль». На модели 16S РНК Е. coli такие «составные шпильки» образованы спиралями 4 и 5; 10 и 11; 16 и 17; 18 и 19; 20 и 21; 25, 26 и 27; 28, 29, 30 и 31; 32 и 33; 34 и 35; 36 и 37; 43 и 44; 48 и 49; 52 и 53; 54 и 55; 57 и 58; таким образом, «составные шпильки» покрывают значительную часть всей вторичной структуры.
6. Имеется несколько дальних комплементарных взаимодействий, спаривающих отдаленные районы полинуклеотидной цепи. Наиболее важными в общем сворачивании 16S РНК Е. coli и обособлении ее доменов являются три дальних комплементарных контакта: между участками последовательности 27—37 и 547—556 (спираль 2), между участками 564—570 и 880—886 (спираль 22) и между участками 926—933 и 1384—1391 (спираль 38). Двойные спирали в этих местах скрепляют начало и конец отрезков полинуклеотидной цепи, образующих обособленные домены структуры РНК (см. ниже). Следует отметить также «менее дальние» комплементарные взаимодействия: между участками 39—47 и 394—403 (спираль 3), между участками 576—580 и 761—765 (спираль 23) и между участками 946—953 и 1228—1235 (спираль 40); здесь также образуются важные двойные спирали, стабилизирующие сворачивание РНК в доменную структуру.
16S РНК содержит несколько посттранскрипционно модифицированных (минорных) нуклеотидных остатков (см. рис. 14), и почти все они локализуются именно в неспаренных участках цепи, в основном в 3'-концевой трети молекулы. В 16S РНК Е. coli имеются m62A (два сблокированных остатка в петле 3'-концевой шпильки, положения 1518—1519), m7G (один остаток, положение 527), m2G (два остатка, положения 966 и 1207), m5С (два остатка, положения 967 и 1407), m4Cm (один остаток, положение 1402) и mU (положение 1498). Многие из этих минорных остатков эволюционно консервативны и наблюдаются у других бактерий. Интересно, что 3'-концевая шпилька, включающая спираль из 10 пар нуклеотидов, оказывается инвариантной для известных 16S и 18S РНК, и два сблокированных m62A в торцевой петле шпильки также обязательно присутствуют как у прокариот, так и у эукариот.
Модифицированным остатком, а также нуклеотидным петлям спиралей приписывают важную роль в организации участков молекулы, узнаваемых белками, и в участии в функциональных центрах рибосомы.
Первичная структура рибосомной 23S РНК Е. coli также была установлена как ее прямым химико-энзиматическим анализом, так и путем секвенирования ДНК ее клонированного гена. Одновременно и некоторое время спустя были секвенированы также высокополимерные РНК большой рибосомной субчастицы ряда других организмов, а также хлоропластов и митохондрий, которые дали материал для сравнительно-эволюционного анализа. Весь арсенал методов, примененный в случае 16S РНК, был использован для изучения вторичной структуры 23S РНК, и были найдены принципиально те же закономерности и особенности. Схема модели вторичной структуры 23S РНК Е. coli дана на рис. 45. Как и в 16S РНК, около половины или более остатков цепи 23S РНК оказываются вовлеченными в двойные спирали. Всего можно насчитать несколько более 100 индивидуальных спиралей. Наиболее ярким отличием от 16S РНК является, по-видимому, комплементарное спаривание 5'-конца 23S РНК с ее 3'-концом; довольно стабильная совершенная двойная спираль из 8 пар нуклеотидов удерживает оба конца вместе, в значительной мере фиксируя общую свернутость цепи в конечную компактную структуру. Как и в 16S РНК, пары G • U не редкость в спиралях 23S РНК. Кроме того, в спиралях имеются пары G • А и, более редко, некоторые другие неканонические пары. В спиралях встречаются одно- и двунуклеотидные боковые петли, чаще всего с А (но бывают и другие).
В качестве посттранскрипционно модифицированных (минорных) нуклеотидов 23S РНК Е. coli имеет ? (3 остатка), Т (2 остатка), m6А (2 остатка), m1G, m7G, Gm, Cm и неидентифицированные производные U. Часть их сблокирована, как например, в последовательностях 745-747 (m1G?T) и 1911-1917 (?AACU*A?, а часть рассеяна, но почти исключительно (кроме одного ? и одного Т) в однотяжевых районах.
Как и в случае малых высокополимерных РНК, эукариотические 26S-28S РНК оказываются гомологичными, особенно по вторичной структуре, бактериальной 23S РНК, но имеют ряд крупных вставок. В 28S РНК млекопитающих, которая на 1500 нуклеотидов длиннее 26S РНК дрожжей, характерной чертой является существование ряда G + С-богатых сегментов, по-видимому, сильно структурированных и вставленных в эволюционно консервативные участки; иногда они образуют очень длинные спирали. Наиболее принципиальным отличием эукариотических рибосомных РНК большой субчастицы является существование 5'-концевого 160-нуклеотидного фрагмента в виде отдельной цепи 5,8S РНК. Однако эукариотическая 5,8S РНК так тесно встроена в структуру 28S РНК, будучи спарена с ней в стабильные спирали, по-видимому, в трех местах, что говорить о ней как о структурно самостоятельной молекуле не приходится. Действительно, 5,8S РНК образует сама и с 28S РНК вторичную структуру, подобную той, что выводится для ковалентно-непрерывной 5'-концевой части бактериальной 23S РНК.
Полные первичные структуры 5S РНК как прокариот (Е. coli), так и эукариот (человек) были определены задолго до работ по структуре высокополимерных рибосомных РНК, еще в 1967 г. (в группах Ф. Сэнгера и С. М. Вейсмана, соответственно). С тех пор стали известны многие десятки первичных структур 5S РНК из рибосом самых различных организмов, позволило проводить их сравнение как для выявления путей молекулярной эволюции и филогенетического родства таксонов, так и для проверки предсказываемых вторичных структур на основе гомологичных замен нуклеотидов.
5S РНК, как правило, не содержит посттранскрипционно модифицированных (минорных) нуклеотидов. Однако у ряда видов дрожжей, а также у эвглены, имеется ?. В очень редких случаях отмечаются другие минорные нуклеотиды — например, модифицированный C у архебактерии Sulfolobus acidocaldarius. Из сравнения нуклеотидных последовательностей 5S РНК различных таксонов особенно хорошо видно, насколько эволюционно консервативны рибосомные РНК. Так, человечья 5S РНК отличается от 5S РНК рептилий всего 2—3 нуклеотидными остатками, а от 5S РНК лягушек — 7—8 остатками. 5S РНК ржи отличается от таковой томата всего 2, а от 5S РНК фасоли —5 нуклеотидными остатками. Столь же близки между собой 5S РНК различных видов бацилл. Идентичны или содержат единичные нуклеотидные замены 5S РНК грамотрицательных бактерий, относящихся к кишечной группе и примыкающим родам (Escherichia, Salmonella, Aerobacter, Erwinia, Serratia, Proteus, Photobacter и др.).
Одновременно с определением первичных структур 5S РНК делались многочисленные попытки предсказать ее вторичную структуру. Тестирование однотяжевых участков с помощью нуклеаз и химических агентов, модифицирующих неспаренные основания, давало экспериментальную основу для этих попыток. Но решающим здесь все-таки следует признать сравнительный подход, основанный на укладке многочисленных известных первичных структур 5S РНК в однотипные вторичные структуры. Действительно, все известные первичные структуры 5S РНК можно уложить за счет самокомплементарности их участков.
Прежде всего, в 5S РНК 5'-концевой участок цепи комплементарен 3'-концевому участку и образует с ним прочную длинную двойную спираль из 9—11 пар нуклеотидов (спираль 1). Вся внутренняя нуклеотидная последовательность укладывается в две составные шпильки. Одна составная шпилька четко разделяется на два двуспиральных участка — собственно шпильку из 6 пар нуклеотидов с большой торцевой петлей из 11—13 остатков в районе 40-го нуклеотида (спираль III) и двуспиральный участок из 7—8 нуклеотидных пар (спираль II), соединенный с предыдущей спиралью некомплементарным районом. Другая составная шпилька с маленькой торцевой петлей из 2-4 нуклеотидных остатков представляет собой почти непрерывную двойную спираль, но, как правило, содержащую несколько дефектов, таких как неканонические пары, выпетливающиеся нуклеотидные остатки и, часто, неспаренные нуклеотиды в середине; поэтому она обычно может быть разбита на две подспирали (спираль IV и спираль V).
Особо следует подчеркнуть встречаемость таких неканонических пар, как G • U и G • А. Кроме того, во всех внутренних спиралях (II—V) часто встречаются однонуклеотидные и двунуклеотидные боковые петли; в большинстве случаев выпетливаются А, но бывают и другие остатки.
Из данных по доступности нуклеазам и химическим реагентам следует, что большая торцевая петля спирали III и неспаренный район между спиралями II и III, а также «плохо спаренные» остатки составной спирали IV—V, не просто развернуты, а довольно сильно структурированы; предполагается их участие в организации третичной структуры 5S РНК, которая пока не известна.
Интересно, что торцевые и боковые петли часто характеризуются более консервативной первичной структурой, чем спиральные участки. Большая торцевая петля спиральной шпильки III содержит полуинвариантную последовательность, непосредственно примыкающую к спиральному участку (у всех прокариот она CCGAAC, у растений CAGAAC, у грибов CCGAUC, а у позвоночных животных CUGAUC). Ее тетрануклеотидная часть GAUAC, примыкающая к спирали, недоступна нуклеазам, т. е. по-видимому, структурирована. Через четыре остатка от нее по направлению к 3'-концу имеется полуинвариантная двунуклеотидная боковая петля — чаще всего АА, но у грибов UA, ?А или СА (СА также у некоторых высших растений). Характерно, что эта петля всегда фланкирована двумя G, которые спарены в противоположном тяже с двумя смежными С, обеспечивая, по-видимому, скрепление двойной спирали в месте петли. Далее через три остатка по направлению к 3'-концу всегда присутствует еще инвариантный дуплет АА, теперь уже в неспиральном районе, между спиралями II и III. В спирали II, в ее 3'-тяже, почти всегда имеется инвариантная однонуклеотидная боковая петля - у прокариот и грибов, как правило, А (у архебактерий может отсутствовать), у paстений — U, у животных — С; за ней всегда следует G, спаренный с C противоположной цепи.
Прочное спаривание 5'- и 3'-концевых участков цепи является, по-видимому, характерным свойством стабильных структур РНК. Образование такой черешковой спирали завершает сворачивание пространственной структуры и фиксирует ее. В принципе фиксация концов должна неизбежно приводить к стабилизации внутренних спиралей и других типов укладки. Замыкание концов друг на друга вносит еще и дополнительный вклад в компактизацию структуры.
тРНК являются первым известным примером такой организации. Из предыдущего раздела видно, что рибосомные 5S РНК тоже имеют прочную черешковую спираль, образованную 5'- и 3'-концами ее цепи и, очевидно, фиксирующую ее общую укладку. В высокополимерных рибосомных РНК существование прочной (совершенной и достаточно длинной) спирали, образованной удаленными участками цепи, может служить верным признаком относительно независимой, компактно свернутой структуры участка цепи между ними. Такие самозавершенные структурные домены, с прочным спариванием их 5'- и 3'-концов, являются важнейшим конформационным мотивом обеих высокополимерных рибосомных РНК.
Молекула как 16S РНК прокариот, так и IBS РНК эукариот может быть подразделена на 3 главных домена: 5'-концевой (домен I), ограниченный и скрепленный черешковой спиралью из 10—11 нуклеотидных пар (спираль 2, образованная последовательностями 27— 37 и 547-556 в случае 16S РНК Е. coli); серединный (домен II), имеющий черешок из 7 нуклеотидных пар (спираль 22, образованная последовательностями 564—570 и 880— 886 у Е. coli); 3'-проксимальный (домен III), ограниченный черешком из 7—8 нуклеотидных пар (спираль 38, образованная последовательностями 926-933 и 1384—1391 у Е. coli). Внутри домена I можно выделить субдомен, ограниченный спиралью из 6—9 нуклеотидных пар (спираль 3, образованная последовательностями 39—47 и 394—403 у Е. coli). Точно так же в домене II имеется субдомен, ограниченный своим черешком (спираль 23, последовательности 576—580 и 761—765 у Е. coli). В домене III тоже выделяется субдомен с черешком из 8—10 нуклеотидных пар (спираль 40, образованная последовательностями 946—953 и 1228—1235 у Е. coli). Интересно, что указанные субдомены внутри доменов имеют тенденцию захватывать 5'-концевую часть соответствующего домена; не исключено, что это является правилом, облегчающим сворачивание РНК с 5'-конца: возможно, субдомен — компактное ядро, на которое затем уже наворачивается последующая структура домена. Сама 3'-концевая последовательность 16S или 18S РНК длиной более 150 нуклеотидных остатков не входит в состав перечисленных доменов, но тоже сильно структурирована (иногда обозначается как дополнительный домен IV); главный элемент ее структуры — относительно длинные и стабильные двуспиральные участки (3'-концевая универсальная шпилька из 10 пар нуклеотидов и очень длинная составная шпилька, включающая около 30 пар нуклеотидов).
Электронная микроскопия изолированной 16S РНК в условиях, когда она компактно сложена (присутствие достаточного количества Mg2+, спермидина и т. п.), позволяет, по-видимому, разрешить указанные 3 главных структурных домена. Эта РНК видна как Y-образная структура, с неравными ветвями. Другими словами, видны три компактные лопасти или доли, исходящие из центра. Если сравнить размеры и общую морфологию Y-образной РНК с таковыми рибосомной 30S субчастицы, то можно видеть, что она хорошо вписывается в последнюю. Тогда, зная локализацию обоих концов 16S РНК на 30S субчастице и локализацию ряда рибосомных белков на первичной структуре 16S РНК и на поверхности 30S субчастицы, можно идентифицировать видимые ветви, или доли, Y-образной РНК с ее тремя структурными доменами, выводимыми из первичной и вторичной структуры. По-видимому, нижняя ветвь буквы Y представляет собой 5'-концевой домен I, формирующий «тело» 30S субчастицы. Верхняя длинная ветвь Y-образной РНК является, скорее всего, 3'-проксимальным доменом III, входящим в состав «головки» 30S субчастицы. Верхняя короткая ветвь Y может быть серединным доменом II и участвовать в образовании боковой лопасти («платформы») 30S субчастицы. Согласно прямой иммуно-электронно-микроскопической локализации 3'-конец 16S РНК занимает место где-то между «головкой» и верхушкой боковой лопасти, т. е., по-видимому, между концами верхних ветвей Y-образной РНК.
Поразительным является тот факт, что общая форма изолированной РНК в компактном состоянии оказалась специфической и напоминающей форму исходной 30S субчастицы (или, по крайней мере, вписывающейся в нее). Это говорит о том, что, во-первых, цепь рибосомной РНК сама, без белков, способна не только образовывать локальные вторичные структуры, но и укладываться в целом, задавая морфологически уникальную конформацию всей молекулы; во-вторых, именно эта самоукладка рибосомной РНК прежде всего определяет размеры, общую форму и ряд главных морфологических черт рибосомной субчастицы.
Цепь рибосомной 23S (28S) РНК складывается в 6 (или 7) структурных доменов, ограниченных, как и в предыдущем случае, черешковыми спиралями, образуемыми парным взаимодействием удаленных участков цепи.
В прокариотических 23S РНК домен I образован 5'-концевой последовательностью приблизительно из 500 нуклеотидных остатков. В эукариотических 28S РНК домен I образуется при взаимодействии с 5,8S РНК, представляющей собой, как уже отмечалось выше, гомолог 160-нуклеотидной 5'-концевой последовательности прокариотических 23 S РНК. В последнем случае 3'-концевая последовательность 5,8S РНК прочно спаривается на большом протяжении (15— 17 нуклеотидных пар) с 5'-концевой последовательностью 28S РНК, обеспечивая как бы их сращивание; с другой стороны, 5'-проксимальная (в районе 20—30 нуклеотидного остатка) последовательность 5,8S РНК, по-видимому, спаривается с внутренним участком цепи 28S РНК, образуя черешок домена I.
Как и в случае 16S (18S) РНК, довольно протяженная 3'-концевая последовательность 23S (28S) РНК не входит в состав главных доменов, а лишь образует несколько спиральных шпилек. В 23S РНК бактерий 110-нуклеотидная 3'-концевая последовательность сложена в три шпильки (две простые и одна составная из двух спиралей, разделенных неспаренным участком). В рибосомах хлоропластов высших растений 100-нуклеотидная 3'-концевая последовательность в цепи 23S РНК отсутствует и представлена в виде отдельной цепочки 4,5S РНК. 4,5S РНК складывается в две шпильки (одна простая и одна составная из двух спиралей), гомологичные (даже почти идентичные) 3'-концевым шпилькам 23S РНК бактерий.
Уже отмечалось выше, что в 23S РНК бактерий самый 5'-конец цепи спарен с ее 3'-концом (совершенная стабильная спираль из 8 нуклеотидных пар). Соответственно, в рибосомах хлоропластов высших растений 5'-конец 23S РНК спарен в такую же спираль с 3'-концом 4,5S РНК. В рибосомах эукариотических организмов 3'-конец высокомолекулярной 28S РНК, по-видимому, спарен с самым 5'-концом 5,8S РНК.
Замыкание 3'-конца 23S РНК на ее 5'-конец должно отражать, скорее всего, некую общую компактную свернутость всей молекулы и фиксировать эту свернутость. Электронно-микроскопическое изучение изолированной 23S РНК Е. coli в ионных условиях, обеспечивающих ее компактность, действительно обнаружило, что ее форма резко отличается от таковой 16S РНК (где нет спаривания 5'-конца с 3'-концом) в тех же условиях: молекула 23S РНК оказывается гораздо более округлой, имея лишь незначительные выступы. И опять поразительный факт: контуры изолированной 23S РНК напоминают контуры исходной 50S субчастицы, лишь с сильно редуцированными протуберанцами. Хочется еще раз повторить, что, по-видимому, цепь рибосомной РНК самоукладывается специфически, и что общая морфология рибосомной субчастицы детерминируется прежде всего ее РНК.
1. Гусев М. В. Микробиология: Учебник для студ. биол. специальностей вузов/М. В. Гусев, Л. А. Минеева. – 6-е изд., стеор. – М.: издательский центр «Академия», 2006. – 464 с.
2. Тимаков В. Д., Левашев В. С., Борисов Л. Б. Микробиология: Учебник. – 2-е изд., перераб. и доп. – М.: Медицина, 1983, 512 с., ил.
3. Спирин А. С. Молекулярная биология: Структура рибосомы и биосинтез белка: Учеб. для студентов биол. спец. вузов. – М.: Высш. шк., 1986. – 303 с., ил.
4. Теппер Е. З. Практикум по микробиологии: Учебное пособие для вузов/Е. З. Теппер, В. К. Шильникова, Г. И. Переверзева; Под ред. В. К. Шильниковой. – 5-е изд., перераб. и доп. – М.: Дрофа, 2004. – 256 с., ил.
5. http://www.vira-ss.narod.ru.
Последнее обновление страницы: 27 декабря 2006 E-mail: vira-ss@narod.ru
