Классификация вирусов очень подвижная система. Постоянно получаемые новые знания о вирусах — о структурной и молекулярной организации, особенностях репликации, филогенетических взаимоотношениях — служат основанием для ее перестроек.
По материалам шестого сообщения ICTV (1995 г.) с изменениями, внесенными позже (1997 г.), вирусы классифицированы на 184 рода, 161 из которых был сгруппирован в 55 семейств, 23 определены как «блуждающие». Семейства кластеризованы в соответствии с видом генома — днДНК, онДНК, днРНК, (-)РНК, (+)РНК и те, для репликации которых требуется реакция обратной транскрипции (РТ-вирусы, или ретроидные вирусы). Эти более высокие, чем семейства, кластеры не являются формальными таксонами, но очень удобны для систематизации многообразия вирусов.
В седьмом докладе ICTV (Таксономия-2001) в классификации вирусов выделено уже 62 семейства и 222 рода, включая «блуждающие». Как правило, в каждом семействе имеется группа несистематизированных вирусов. Например, в семействе флавивирусов не классифицированы вирус гепатита G и родственные ему вирусы. При получении новых знаний эти вирусы могут быть отнесены к одному из родов семейства или составить свой род. Практически в каждом геномном кластере присутствуют неклассифицированные роды вирусов (всего 23 рода), которые не нашли своего семейства и впоследствии могут составить отдельное семейство вирусов. Примером такой ситуации могут служить роды Deltavirus и Tenuivirus (кластер (-)РНК-геномных вирусов). Другой пример подвижности таксономической системы вирусов — вирус гепатита Е, который ранее входил в семейство Caliciviridae, а в настоящее время является типовым вирусом «блуждающего» рода в кластере (+)РНК-содержащих вирусов. В геномном кластере (+)РНК вирусов сосредоточено наибольшее число неклассифицированных родов вирусов растений.
Выделено 2 порядка вирусов:
А) среди вирусов с негативным РНК-геномом сформирован порядок Mononegavirales, включающий 4 семейства (парамиксо-, рабдо-, фило- и борнавирусы);
Б) среди вирусов с РНК-геномом позитивной полярности выделен порядок Nidovirales, включающий 2 семейства (корона- и артеривирусы). Порядок выделяют на основе ряда объединяющих признаков, включая очевидную филогенетическую близость между представителями семейств. Например, при формировании порядка Mononegavirales были учтены одиннадцать объединяющих признаков:
1. Сходная геномная организация.
2. Комплементарность геномных концевых последовательностей.
3. Гомологичность последовательностей 3'-НТР.
4. Консервативность транскрипционного сигнала.
5. Прерывание генов внутригеномными последовательностями.
6. Наличие вирионной РНК-зависимой РНК-полимеразы.
7. Синтез репликативных и мРНК идет в составе нуклеокапсида.
8. Репликация РНК включает синтез полноразмерного антигенома.
9. Транскрипция идет путем последовательного прерывистого синтеза от одного промотора.
10. Транскрипция и репликация протекают в цитоплазме.
11. Созревание вириона идет путем почкования переформированного нуклеокапсида через цитоплазм этическую мембрану, содержащую встроенные вирусные белки.
Современная классификация семейств вирусов представлена в таблице. При рассмотрении таблицы следует обратить внимание, что четыре семейства дифференцированы на подсемейства; восемь семейств являются смежными, т.е. включают вирусы, поражающие представителей разных царств живого (Birnaviridae, Reoviridae, Rhabdoviridae, Bunyamviridae, Parvoviridae, Iridoviridae, Poxviridae, Picornaviridae); не обнаружено семейств, включающих вирусы прокариот и эукариот.
Кроме вирусов, в царстве Vira рассматриваются и другие молекулярные паразиты, которые систематизируются в рамках неопределенных таксонов. Это вироиды (Viroid), где в настоящее время выделено два семейства и 8 родов, сателлиты вирусов (Sattelites) и прионы (Prions).
